Prezydium Rady Koordynacji odpowiada za wykonywanie uchwał Rady i postanowień Porozumienia oraz prowadzi bieżącą działalność, m.in. decyduje o bieżących sprawach, prowadzi komunikację wewnętrzną i zewnętrzną w Koordynacji, przygotowuje posiedzenia Rady, przyjmuje nowe jednostki do Koordynacji.
Prezydium składa się z co najmniej 3 osób wybranych przez Radę oraz Koordynatorki/Koordynatora regionu z ramienia Komisji Krajowej. Kadencja Prezydium trwa dwa lata.
Obecnie w skład Prezydium Koordynacji wchodzą:
- Kazimierz Szufnik – Sekretarz;
- Maja Kudła – Koordynatorka Regionu Wschodniego przy Komisji Krajowej OZZ IP;
- Marta Zuchowicz – Skarbniczka;
- Konrad Braciak – Koordynator ds. organizacyjnych;
- Gabriela Wilczyńska – Koordynatorka ds. mediów;
- Róża Skrobiś – Koordynatorka zespołu ds. prawnych;
- Anna Romanowicz – Koordynatorka Mikroregionu „Południe”;
- Agata Kornieluk – Koordynatorka Mikroregionu „Północ”;
- Jakub Grzegorczyk – Koordynator ds. sporów zbiorowych.